讲述了猎妖师和千年树妖之间的恩怨以及聂小倩、燕赤霞和宁采臣之间的感情纠葛。

书生宁采臣赴京赶考，夜宿兰若寺，邂逅专门代姥姥迷惑男人吸取精气的聂小倩，二人经过一番磨难渐生情愫终成眷侣，但姥姥要将聂小倩嫁给黑山老妖，情急之下，宁采臣向燕赤霞求助……

书生宁采臣收账不成，无处可归，遂夜宿鬼寺兰若寺，遇上侠士燕赤霞，二人成为邻居。一日偶遇艳女小倩，二人两情相悦，但小倩乃是被树妖姥姥控制的鬼魂，专门迷惑精壮男子代姥姥吸取阳气。小倩见宁采臣心地善良不忍加害，并与他感情逐渐加深。宁采臣欲救小倩脱离姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩无法脱离其魔掌。二人遂向燕赤霞求救……

书生宁采臣赴京赶考，夜宿兰若寺，邂逅专门代姥姥迷惑男人吸取精气的聂小倩，二人经过一番磨难渐生情愫终成眷侣，但姥姥要将聂小倩嫁给黑山老妖，情急之下，宁采臣向燕赤霞求助……

故事发生于一个奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代，宁采臣（张国荣 饰）与专斩妖除魔的好友燕赤霞（午马 饰）分手后路经一个半荒弃的市场，无辜被牵连入狱。幸得狱中通天博学士诸葛卧龙（谷峰 饰）相助逃狱，逃狱后与年青鬼马道士知秋一叶（张学友 饰）纠缠上，从误会以至相交，后一起投宿于一荒废山庄。山庄中阴森恐怖，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，两人已先与一班鬼大打起来。经一番解释，始知这班鬼皆为人扮，宁采臣摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩（王祖贤 饰）一模一样…

小和尚十方（梁朝伟 饰）随师父白云（刘洵 饰）护送金佛，在兰若寺遇到女鬼小卓（王祖贤 饰）与小蝶（利智 饰）。十方放走小卓，但白云却被姥姥（刘兆铭 饰）所擒。姥姥逼小卓嫁给黑山老妖，小卓向十方求助，十方掘出小卓骸骨逃出兰若寺，并在剑侠燕赤霞（张学友 饰）的帮助下救出师父。在斗法中燕赤霞与白云合力消灭了姥姥，但此时黑山老妖用黑云遮天，欲将其一网打尽。十方唯有化成佛祖金身，由小卓带着飞上天空接太阳纯阳之气，借以消灭老妖...

宁采臣与燕赤霞安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙，得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩一模一样。

小和尚十方随师父白云护送金佛去五台山，在兰若寺遭遇女鬼小卓。十方念咒将其制服，仍好心将她放走。但树妖姥姥趁机发难，白云被擒。幸得燕赤霞相助。小卓死敌小蝶引姥姥到他们藏匿之处。十方在小卓帮助下逃出，并救得师父，小卓却被姥姥抓回。十方与燕赤霞掘出小卓骨灰逃出兰若寺，但姥姥已布下天罗地网，众人危在旦夕，最后关头，十方化成佛祖金身，对付树妖。

宁采臣与燕赤霞安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙，得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩一模一样。

小和尚十方随师父白云护送金佛去五台山，在兰若寺遭遇女鬼小卓。十方念咒将其制服，仍好心将她放走。但树妖姥姥趁机发难，白云被擒。幸得燕赤霞相助。小卓死敌小蝶引姥姥到他们藏匿之处。十方在小卓帮助下逃出，并救得师父，小卓却被姥姥抓回。十方与燕赤霞掘出小卓骨灰逃出兰若寺，但姥姥已布下天罗地网，众人危在旦夕，最后关头，十方化成佛祖金身，对付树妖。