G.I.JOE是美国特训特种敢死队的代号，该队组建的目的是维护人类的自由与安全。他们的对手——眼镜蛇部队，是一个妄图统治世界的残忍的KB组织——特种部队，真正的美国英雄。

号称世界上最危险的城市——巴西里约热内卢，警匪枪战时有发生。恶徒肆意横行，死亡如同家常便饭，甚至警匪沆瀣一气，危害城市。但就在这个混乱所在，却有一支刚正严明的部队横空出世。特别警察军事行动部队（Special Police Operation Battalion）凭借其果敢凶狠的办案作风而令匪徒闻风丧胆。时1997年，教皇即将来此视察，高层要求纳斯西蒙（Wagner Moura 饰）所率领的这支精英部队在最短时间内肃清贫民窟内的毒品链。厌倦刀光血影的纳斯西蒙将心思放在了妻子和尚未出世的婴儿身上，他将任务

近未来，武器研发集团MARS的创始人詹姆斯•麦库伦发明了微型机器人“纳米虫”，该机器人可以在很短时间内吞噬掉挡路的敌人，威力巨大。武器运送途中，护卫队遭到一伙高科技武装分子的袭击。在弹头即将被抢去之际，另一组神秘人马阻止了武装分子的计划，并解救了护卫队仅剩的两名成员公爵（钱宁•塔图姆 饰）和开伞索。解救公爵的正是霍克将军所统率的特种部队，公爵和开伞索请求加入该部队，以血前耻。

1983年，一群新兵加入了A军234师的行列。为了一个军人梦，顾一野当众拒绝了漂亮女孩胡杨的表白，他的见识和性格，令他成为了兵车上同行的大院子弟“核心”人物。输送途中，个性十足的矿工子弟高粱和众大院子弟发生了争执，独挑顾一野等人“一战成名”，成为了新兵中一众平民子弟的主心骨。

亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

4年前，臭名昭著的拉西欧监狱发生了一场暴动，这一事件引起里约热内卢州社会的广泛争论，也不同程度改变了许多人的命运。直接领导精英部队（BOPE）的罗伯特·纳西贝托中校（WagerMoura饰）由此荣升为安全局的副秘书长，拥有更大的施展空间；而他的爱将安德鲁·马蒂亚斯（AdréRamiro饰）被政客当作替罪羔羊，踢出了BOPE部队。当然，纳西贝托也遭受着来自政坛、战友和家人各方面的压力，他将一腔愤懑转化到工作中，不仅扩编强化了BOPE的实力，还通过一次次铁腕的打击荡涤了贫民区毒贩的罪恶势力。毒贩销声匿迹，黑暗

重案组肥棠嗜赌成性，欠下高利贷，终日被放债人陈耀雄追讨。肥棠被逼无奈，竟打起警署内赃款的主意，他盗取赃款却仍填不上债务窟窿，只好藏进小旅馆躲避阿雄。PTU的沙展阿森得知肥棠私盗赃款，想方设法保护和帮助好友，却毕竟能力有限。偶然机会，肥棠和隔壁四个潮州同乡相识，更因其专业车手的经历和技术得到对方赏识。不曾想这四人竟是内地过来的悍匪，他们力邀肥棠入伙，为金钱和道义所惑的肥棠踟蹰不定。迷途的警察能否找到归来的路…

　香港庙街，各路势力云集，犬牙交错。身体残疾、在黑帮老大烟铲乐手下讨生活的盲辉与大陆偷渡过来的女孩小惠相恋。PTU部队利用盲辉端掉黑社会团体和联胜的贩毒窝点，引发和联胜老大丧昆与烟铲乐的冲突。丧昆追杀盲辉之时，遭到乐之手下火爆的伏击，坠楼而死。鉴于恶性案件时有发生，警局展开大规模扑杀行动，庙街中由黑社会把持的店铺被迫关闭。烟铲乐恼羞成怒，迁怒盲辉，致使其与女友流落街头。李永森执勤途中逮捕了滋事的小惠，令盲辉对这个导致自己幸福破碎的沙展萌生恨意……

曾混迹黑社会的印度裔男子维路出狱后，一心过回正常人生活，可惜人在江湖，身不由己。他最疼爱的弟弟跟随当年好友混入黑道；曾经的老大黑摩利据说也返回香港，图谋杀害机动部队陈督察；警官肥棠则隔三差五找到维路了解线索。维路不胜其扰，却又无可奈何。另一方面，香港油尖旺鱼龙混杂，各方势力暗流涌动。森和May所率领的机动部队一面要平息黑道势力的争斗，同时还要四处追查黑摩利雇用的刀手。最终形势将朝何方发展？

组建一年多的机动部队即将解散，偏偏最后一天的突发任务十分艰巨——搜索潜入深山里的亡命劫匪。森哥与May姐带领的两队警员因为长期赏罚不公矛盾尖锐，最后一天的终极任务暗中较劲，力争表现邀功。深山搜人时，两队警员更是明争暗斗导致状况百出。行动中除了警匪双方的混战还杀出了来历不明的第三方，并给警队带来致命伤害。在孤立无援的情况下，面对重重困难和死亡的威胁，他们将怎样抛开成见，同心协力完成任务呢。