在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克为营救史波克采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价。不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约翰·哈里森正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议，柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止哈里森的外逃阴谋，柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途，他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。当他们最终找到哈里森，才终于知晓他的真实身份，以及伦敦袭击事件背后的阴谋和黑幕……

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为史波克的死感到悲伤。麦考伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的史波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查...

一名神秘的疯狂幻想家赛波克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫进取号号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？正在基地修整的进取号接受了一项紧急任务，柯克船长一行奉命解救遭到叛徒控制的市民，叛军挟持了进取号到银河系中心去寻找根源。

一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让史波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的赏金号从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任...

在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克为营救史波克采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价。不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约翰·哈里森正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议，柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止哈里森的外逃阴谋，柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途，他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。当他们最终找到哈里森，才终于知晓他的真实身份，以及伦敦袭击事件背后的阴谋和黑幕……

Nooie-Sigh中尉发出求救信号，迫使Spock违抗命令，将企业号及其船员带入有争议的空间执行救援任务。

进取号星舰遨游在太空，在人类和外星人中间传播好意，同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为，因为有迹象表明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡德船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展，时刻准备投入战斗...

传闻西王母拥有长生之术，摸金校尉霍安奉旨前往求仙，却遭遇异虫袭击。霍安无意间得到昆仑瓶，却被其能量所困，成为一座冰晶体，千年不化。 千年后，精通五行的张逍航为了寻找父亲，进入霍安墓，却意外使其复活，昆

一团硕大无朋的高能离子云，在遥远而神秘的太空中迅疾地飘移。这团能量云具有无坚不摧的威力，足以毁灭宇宙间任何物质结构。在它所划过的轨迹上，早已有好几艘分属银河三大势力的星舰遇难了…地球-银河系星球联邦的重镇，星际舰队总部的所在地。在位于北美洲旧金山的星际联邦舰队总部，柯克将军正像往常一样百无聊赖无所事事，突然间却接到了一个再好不过的命令检视企业号准备执行紧急任务。原来地球的防卫体系己经发现了那团高能离子云，而且侦测出它正对准地球飞来。柯克将军的任务，就是要赶在它到达地球之前，率领进取号先迎上去一探究竟。

星际迷航：皮卡德第三季为终结季。