在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。在妖馆中，每一个返祖妖怪都会配有一位被称为SS的护卫，白鬼院凛凛蝶和御狐神双炽的故事就由此开始。　　在妖馆中，还居住着另一些有趣的住客。性格优哉游哉但其实有着意外细腻内心的反之冢连胜和他的护卫雪小路野蔷薇；不良正太渡狸卍里和他的护卫夏目残夏；狂放不羁甚至有些变态的青鬼院蜻蛉和他天然呆的护卫髅髅宫歌留多。在和这些同类相处

在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介

这个世界上曾经有着一个被称为“光之巨人”的存在。不久，“光之巨人”完成了他的使命，返回了遥远宇宙的故乡，跟他同化的地球人也失去了过往的记忆，回到了自己原本的地方。奥特曼的存在已成为过去之物，科学特搜队日本支部也结束了它的功能，被改建成光之巨人纪念馆。早田进次郎是一名已经过了多愁善感的青春期的高中生。然而，他意识到自己拥有惊人的弹跳力和健壮的肉体等正常人类所不具有的力量。某天，进次郎知道了父亲早田进曾经是奥特曼。而且，在没有奥特曼守护的地球上，暗中策划各种阴谋活动的外星人依然存在着。作为隐秘组织而健在的科学