《VIRUS病毒》是在描写一种被称为「培养器」（Incubator）的实体，可创造出一种有能力可以同时传染人类和机器的病毒。为了保护市民不受病毒以及它的异形侵犯，在法律保护策略下诞生了一个特别的战术机构『STAND』。而这组织由穿著多功能战甲受高度训练的成员所组成，他们穿著具有人工智能、强大战斗力的『个人装甲』(VG)，即使在高病毒侵袭的危险群中承受也不会被感染。然而这新的病毒不仅开始迅速扩散，并在席格多新装甲发表会中，VIRUS兽化席格多疯狂攻击人群，让『STAND』几乎难以招架！在此时，突然出现一个年

2130年，受第三次世界大战的影响，日本各地均出现了被称为“BS（Black Spot）”的巨大污染区域。“BS”被作为废墟用巨大墙壁隔离，然而不久，这荒芜的大地出现了居民。他们被住在“城市（City）”里的人称为“无用者（Needless）”，而当中也有特殊能力者存在。故事的开端是名为库鲁斯·西尔特的少年，他所属的反抗组织的目标是从西美翁的暴力统治中解放“BS”。在一次与亚当·阿库莱特的战斗中反抗组织被攻破，幸存者库鲁斯只身一人逃进地下水道。在被追兵追赶的时候，救助他的是和阿库莱特相貌相似的阿当·布雷特